Группировка наёмников берётся освободить из заложников сына сидящего в тюрьме индийского наркобарона. Подростка похитили конкуренты и держат его в столице Бангладеш Дакке - городе, состоящем из трущоб и практически полностью окружённом реками. Ответственное задание поручатся бывшему военному Тайлеру Рейку. Он легко расправляется с вооружённой охраной и быстро освобождает пленника, но доставить парня в безопасное место и выбраться из города, где на тебя объявлена охота, оказывается не так-то просто.
Обыкновенная крыса и четыре черепашонка в канализации Нью-Йорка случайно попали в отходы радиации, а потому мутировали и превратились в больших и разумных существ. Крыс Сплинтер раньше обучался у японского мастера-ниндзя, а потому теперь взялся передавать свои знания и навыки ученикам. Черепашки Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло подружились с молодой журналисткой Эйприл и начали помогать ей расследовать преступные дела. Теперь городу снова нужны герои. На Нью-Йорк нападает злодей Шреддер вместе со своими помощниками-мутантами Бибопом и Рокстеди, а также многочисленным кланом Футов. Злодеи контролируют всех в городе - от полицейских до политических деятелей. Горожане обескуражены - им кажется, что будущее не спасти. Но из канализации появляется четверка братьев, которые готовы отчаянно сражаться за свой Нью-Йорк. Вместе с Эйприл и ее напарником-оператором Верном они вступают в опасную схватку со злодеем, чтобы помешать его коварному плану.