Ронин Мандзи уже давно был бы не прочь покинуть этот мир, но загадочная старушка заразила его кровяными червями, способными залечивать раны и даже приращивать отрубленные конечности. По наводке той же бабули бессмертную скуку ронина приходит развеять девушка Рин. Она просит его отомстить за смерть отца, убитого Кагэхисой Аноцу и членами школы Итто-рю, которая не уважает традиции и стремится подмять под себя все остальные школы владения мечом.
В мире Наруто незаметно пролетели два года. Бывшие новички пополнили ряды опытных синоби в ранге тюнин и дзёнин. Главные герои не сидели на месте каждый стал учеником одного из легендарных Саннин трех великих ниндзя Конохи. Парень в оранжевом продолжил обучение у мудрого, но эксцентричного Дзирайи, постепенно восходя на новую ступень боевого мастерства. Сакура выдвинулась в помощницы и доверенные лица целительницы Цунадэ нового вождя Деревни Листвы. Ну а Саскэ, чья гордыня привела к изгнанию из Конохи, вступил во временный союз со зловещим Оротимару, причем каждый считает, что лишь использует другого до поры до времени.