У актера итальянские и франко-канадские корни.
Марк – вегетарианец.
Мать актера, Мари Роз – стилист и парикмахер, а отец, Фрэнк Лоуренс был маляром. У актера также есть две сестры – Таня и Николь, а его младший брат Скотт в декабре 2008 года в возрасте 39 лет умер от пулевого ранения в голову. Когда стало понятно, что выздоровление невозможно, его родные приняли решение отключить его от системы жизнеобеспечения. Существуют две версии причины его смерти: первая – убийство, а вторая – умер по собственной вине, так как имел привычку к весьма опасной забаве – русской рулетке.
Марк с 2000 года женат на американской актрисе французского происхождения Санрайз Койни. У пары трое детей: сын Кин Руффало и две дочери – Белла Нач Руффало и Одетт Руффало . Вся семья сейчас живет в Нью-Йорке.
После школы Марк учился в Консерватории Стеллы Адлер в Лос-Анджелесе, где его одногруппником был сам Бенисио дель Торо.
Подростком на протяжении девяти лет актер подрабатывал барменом.
Известность к Марку пришла в 2000 году после роли в фильме «Можешь рассчитывать на меня». Драма была отмечена «Оскаром», и актера наконец заметили в Голливуде. Эта роль принесла ему приз Ассоциации критиков Лос-Анджелеса и премию Международного кинофестиваля в Монреале.
В 2002 году актеру поставили страшный диагноз – опухоль головного мозга, которая затем привела к частичному параличу его лица. К счастью, опухоль была доброкачественной и после операции он полностью восстановился. Тогда Марку пришлось покинуть съемки фильма «Знаки», где его заменил Хоакин Феникс .
В средней школе Марк был активным спортсменом и даже преуспел в борьбе. Но ради актерской карьеры ему пришлось бросить спорт.
Марк был близким другом Хита Леджера (1979-2008). Также актер дружит с еще одним коллегой по цеху – Гаэлем Гарсией Берналем.