В 2191 году жители Земли впервые наладили контакт с инопланетным разумом, но ожидаемый успех и ликование землян, довольно быстро сменилось разочарованием и не скрываемым ужасом. Инопланетная раса называющая себя амиласиане, за несколько дней нанесла массированные удары по Голубой планете и унесла бесчисленное количество жизней. Прошло восемь лет и почти все жители Земли либо погибли, либо были вынуждены существовать в подземных городах расположенных в недрах земной коры. Но когда казалось, что надежды на спасение былого величия планеты уже нет, у объединённых сил ООН возник план, по уничтожению инопланетян и теперь все надежды людей возложены на плечи Линкора Ямато и его бравый экипаж во главе с эпической личностью легендарным капитаном Окитой.
В городе, богатом на живописные пейзажи, есть храм богов озера, храм Укасима. Семья Кисараги ведет тихую размеренную жизнь при храме, исполняя духовные обязанности, у каждого свои: Кисараги Тадаёси настоятель, его дочь Сая жрица. Сая учится во втором классе старшей школы Санбара, ходит на уроки и проводит время с одноклассниками, как обычная девочка в ее возрасте. Но то лишь одна сторона ее жизни, ведь нужно еще выполнять миссию, что возложил на хрупкие плечи отец. Нужно истреблять «древности» вещи, обладающие сверхчеловеческой силой и пожирающие людей. Лишь Сая в силах одолеть их, и со священной катаной в руках она будет сражаться ради того, чтобы защитить людей, ради любимого отца. С чем же суждено ей столкнуться на выбранном пути?