Кики молодая ведьма, проходящая обучение и живущая в деревне у своей матери, также ведьмы, изготавливающей целебные средства для местных жителей. Кики достигла возраста, когда по традиции она должна покинуть свой дом и в качестве стажировки провести год жизни в незнакомом городе. Героиня садится на материнскую метлу и отправляется в далёкий путь. Вскоре она находит городок, где после некоторых трудностей, ей удается обосноваться и открыть свою небольшую службу по доставке вещей посредством полётов на метле.
1582 год. Великий Ода Нобунага пал от руки своего некогда верного вассала Мицухидэ Акечи. Но и его судьба была предрешена Тойотоми Хидэёси взял власть в стране в свои руки. Он провёл чёткую грань между самураями и крестьянами, в результате чего пропасть между богатыми и бедными стала как никогда шире. Но 15 лет спустя в стране появился человек, который встал на защиту крестьян в неравной борьбе с правительством. Этим человеком стал великий ниндзя Исикава Гоемон. Тайны прошлой жизни свели его с другим не менее легендарным ниндзя Киригакурэ Сайзо. Кто же победит в этой борьбе?
В небольшом посёлке Ямакоси, к несказанной радости своих маленьких хозяев, Аи и Риоты, собака, по имени Мари, производит на свет трех очаровательных щенков. Эти животные становятся бальзамом для раненых детских душ, ведь мама Аи и Риоты умерла, и дети отчаянно тосковали по ней. Жизнь детей снова наполнилась радостью, но впереди их ждало серьёзное испытание.