Человек в маске, представленный зрителю как Учиха Мадара, решает завладеть силой девятихвостого, для чего проникает в Коноху, где сталкивается с Наруто и Сакурой. С помощью силы глаз использует технику «Цукиёми», которая погружает героев в параллельную реальность, где всё наоборот, родители Наруто живы, Сакура дочь героев деревни, Саске никуда не уходил, Акацки защищают Коноху, и всё кажется идеально. Вот только тот ли это мир, который хочет защитить Наруто, его ли это жизнь? Вместе с Сакурой, Наруто должен найти ответ на эти вопросы и разобраться с человеком в маске, который смог заполучить в союзники таинственного парня в маске из альтернативной реальности.
Юная пришелица из морских глубин Ика Мусумэ, она же Кальмарка, прочно захватила плацдарм для вторжения на сушу, устроившись официанткой в пляжное кафе «Лимон», управляемое сестрами Айдзава. Вот только покарать человечество за надругательство над морской стихией пока не получается то работать надо, то уклоняться от нежностей своей главной поклонницы Санаэ, то спасаться от сумасшедшей ученой Синди, которой позарез нужно изучить новую знакомую изнутри. Какие уж тут боевые действия, когда некогда щупальца расслабить!Вот так Кальмарка потихоньку влилась в коллектив, став неотъемлемой частью местного пляжного сообщества и живым талисманом «Лимона». Жить на море не скучно кроме пляжа Ика изучила родной дом Айдзава, местную школу, леса и горы, познакомилась с множеством представителей «вероятного противника», и в душе у посланницы океана поселился вопрос: а может, ну его, это завоевание? Даже собственные земляки, тайно следящие за человечеством, заметили героине, что не стоит торопиться вбивать в людей «экологическую демократию». Жители суши сами разберутся, особенно если им немножко помочь. А кто говорил, что будет легко?
В мире Наруто незаметно пролетели два года. Бывшие новички пополнили ряды опытных синоби в ранге тюнин и дзёнин. Главные герои не сидели на месте каждый стал учеником одного из легендарных Саннин трех великих ниндзя Конохи. Парень в оранжевом продолжил обучение у мудрого, но эксцентричного Дзирайи, постепенно восходя на новую ступень боевого мастерства. Сакура выдвинулась в помощницы и доверенные лица целительницы Цунадэ нового вождя Деревни Листвы. Ну а Саскэ, чья гордыня привела к изгнанию из Конохи, вступил во временный союз со зловещим Оротимару, причем каждый считает, что лишь использует другого до поры до времени.