Миновали летние каникулы, подходит к концу последний школьный год большинства основных героев. Томоя Окадзаки сделал выбор и теперь живет у своей девушки, Нагисы Фурукавы, семью которой до сих пор считает чудом ведь это то, чего он был так долго лишен в детстве и юности. Поняв себя, Томоя открылся миру, и теперь вокруг него не только любимая и ее близкие, но и все, кому он помог, принес добро и подарил частичку счастья.
В мире Наруто незаметно пролетели два года. Бывшие новички пополнили ряды опытных синоби в ранге тюнин и дзёнин. Главные герои не сидели на месте каждый стал учеником одного из легендарных Саннин трех великих ниндзя Конохи. Парень в оранжевом продолжил обучение у мудрого, но эксцентричного Дзирайи, постепенно восходя на новую ступень боевого мастерства. Сакура выдвинулась в помощницы и доверенные лица целительницы Цунадэ нового вождя Деревни Листвы. Ну а Саскэ, чья гордыня привела к изгнанию из Конохи, вступил во временный союз со зловещим Оротимару, причем каждый считает, что лишь использует другого до поры до времени.